Biatlon je nastao kao simbioza dva sporta – skijanja i streljaštva, a svoje korene ima u veštinama preživljavanja u severnim krajevima, većim delom godine prekrivenim snegom. Istorijski zapisi o ratovanju na skijama datiraju iz vremena pre nove ere, a već oko 1500. godine su u Rusiji i Skandinaviji postojale organizovane skijaške vojne jedinice. Do kraja 19. veka su postojale i u Nemačkoj, Austriji i Švajcarskoj.
Biatlon kao sport je nastao kao vežba norveških vojnika, a jedan od prvih poznatih biatlon klubova je bio Trysil Rifle and Ski Club koji je osnovan 1861. godine sa ciljem da na lokalnom nivou promoviše nacionalnu odbranu. Prva biatlon trka je održana 1912. godine u Norveškoj.
U cilju standardizacije pravila, 1948. godine je osnovana Međunarodna federacija za moderni pentatlon i biatlon – UIBMP, a 1993. godine je od dela UIBPM koji se bavio biatlonom nastala Međunarodna biatlon federaciju (IBU), koja se 1998. godine i zvanično odvojila.
Biatlon se prvi put pojavljuje na olimpijskim igrama 1948. godine u Sent Moricu kao demonstracioni sport. U to vreme se sastojao od kros kantri i spust discipline skijanja, streljaštva, mačevanja i jahačkih disciplina. Inspirisan modernim pentatlonom, to je bio jedan od prvih pokušaja multisportskih disiplina. Na redovnom programu, muškarci se u biatlonu takmiče od Igara održanih 1960. godine u Skvo Veliju, a žene od Albervila 1992.
Prva takmičenja koja mogu biti preoznata kao biatlonska su organizovana 1776. godine u Norveškoj. To je bilo ekipno nadmetanje koje je kombinovalo streljačku veštinu i skijanje. Takmičenja su bila redovno organizovana od 1792. do 1818. godine, a oko 1912, opet u Norveškoj, ekipnom takmičenju se pridružuju i individualne trke. Prva trka van teritorije Norveške su održana u Nemačkoj 1902. godine.
Prve zimske olimpijske igre, održane u Šamoniju 1924. godine, na svom programu su kao demonstracioni sport imale i vojnu ski patrolnu trku. Isti status je ovaj sport imao i na Igrana 1928, 1936 i 1948. godine.
Tek na 44. sesiji MOK-a održanoj u Rimu 1949. godine je Švedska predložila, a MOK prihvatio predlog da se u program Igara uključi kombinovano kros-kantri skijanje i gađanje iz puške kao individualno takmičenje koje će biti otvoreno za nastup civila.
Naziv biatlon se prvi put pojavljuje u pravilima definisanim 1955. godine. Do tada su ove trke nosile naziv “Patrol Race” . UIPM (Međunarodna federacija za moderni pentatlon) je 1957. godine prepoznala biatlon kao sport. Prvo svetsko prvenstvo u biatlonu je organizovano 1958. godine u Salfeldenu(Austrija), a na strartu trke dužine od 20km je bilo samo 25 takmičara iz 7 zemalja. Sport se brzo razvijao. Prva olimpisjka biatlon trka je startovala na Igama u Skvo Veliju 1960. Trka se sastojala od skijanja na stazi dužine 20km i četiri stanice na kojima se gađalo iz puške (250m, 200m, 150m, 100m).
